Sorozatok
Az Erdélyi Tudományos Füzetek a kiadó legrégebbi, ma is aktívan megjelenő, humántudományi sorozata. Az EME 1874-től adja ki folyóiratát, az Erdélyi Múzeumot. Az 1900-as évek táján a folyóiratban megjelent fontosabb cikkekből különnyomatok készülnek, melyek idővel önálló kötetként is megállják a helyüket. Az 1930-as években György Lajos látja el önálló névvel a sorozatot, ekkor indul az Erdélyi Tudományos Füzetek. 1941-től Szabó T. Attila lesz a sorozat szerkesztője egészen 1947-ig, amikor megjelent a 208. szám.
Az Erdélyi Történelmi Adatok (ETA) forráskiadvány-sorozatot gróf Mikó Imre (1805–1876), az Erdélyi Múzeum-Egyesület alapítója, 1855-ben indította meg azzal a céllal, hogy a rohamosan pusztuló erdélyi történeti forrásanyag összegyűjtésével és közzétételével előkészítse Erdély korszerű történetének a megírását. Az első három kötetet maga Mikó Imre szerkesztette és adta ki, a negyedik kötettől kezdve viszont a szerkesztési munkálatokat az Egyesületre, közelebbről Szabó Károlyra (1824–1890), az EME könyvtárának őrére ruházta át.
A kolozsvári Babeș–Bolyai Tudományegyetem Magyar Néprajz és Antropológia Tanszéke doktori iskolájának oktatói és hallgatói 2008-ban indították az Emberek és kontextusok sorozatot a Mentor Kiadó gondozásában; a 6. kötettől az Erdélyi Múzeum-Egyesület jelenteti meg a sorozat köteteit. Az új forrásokat feltáró, közlő és értelmező kötetek a társadalomkutatók és a népi életforma, a hagyományok iránt érdeklődő olvasók figyelmére tartanak számot.
Az Erdélyi Múzeum-Egyesület és a BBTE Kommunikáció, Közkapcsolatok és Reklám Intézete közös könyvsorozatot indít. A Letöltés című sorozatban a média- és kommunikációtudomány, valamint a populáris kultúra kutatásának területeire tartozó munkák jelennek meg. A tervezett kötetek között lesznek e tudományterületek erdélyi és magyar kutatásainak eredményeit közlők, a nemzetközi újdonságokból vagy kanonizált munkákból készült fordítások, illetve oktatási célú kézikönyvek. A kéziratokat tudományos tanács bírálja és véleményezi.
A Certamen a kolozsvári székhelyű Erdélyi Múzeum-Egyesület I. Bölcsészet-, Nyelv- és Történettudományi Szakosztályának az évkönyve. A 2013 óta megjelenő kiadvány az egyesületnek a „Magyar Tudomány Napja Erdélyben” című éves rendezvénye alkalmával bemutatott magyar irodalom, irodalomtörténet, nyelvészet, néprajz, történelem, régészet, művészettörténet, film- és zenetudományi témájú előadások anyagát közli.
Az EME 1990-es újraindulásakor alakult meg a Műszaki Tudományok Szakosztálya a tudományterületek tagolódásának szükségszerűségeként. A szakosztály első sorozata a Műszaki Tudományos Füzetek, amelynek első száma 1992-ben jelent meg Jenei Dezső szakosztályi elnök szerkesztésében. Forráshiány miatt a sorozatnak csupán két száma jelent meg (1992-ben és 1993-ban). A Műszaki Tudományos Füzetek 2007-ben indult újra, amely a magyar műszaki felsőoktatási képzés magyar nyelvű szakkiadványainak hiányát igyekezett pótolni.
A Tudomány- és Technikatörténeti Füzetek sorozat a 2006-ban indult Műszaki örökség feltárása, kutatása és védelme Erdélyben című kutatási program eredményeit hivatott közzétenni, terjeszteni. Célja technikai örökségünk felkutatása, működőképessé tétele, valamint a térség kulturális és turisztikai fejlesztése. Az első kötet 2009-ben jelent meg. A kötetek híven tükrözik a technikatörténeti kutatások, terepmunkák, levéltári forrásgyűjtések és felmérések eredményeit.
Az Erdélyi drámatéká könyvsorozatban erdélyi szerzők magyar nyelvű, értékes színművei vagy színmű-fordításai jelennek meg a magyar drámatörténet régebbi időszakaitól kezdve napjainkig: megannyi kéziratban maradt vagy kinyomtatott, de méltatlanul feledésbe merült alkotás. Az egyes drámaszövegeket minden esetben értelmező tanulmány, alkalmanként képmelléklet kíséri.
Sorozatszerkesztő: Egyed Emese, Biró Annamária
Az Ipartörténeti Füzetek az Erdélyi Múzeum-Egyesület Műszaki Tudományok Szakosztályának sorozata, melynek célja közelebb vinni az erdélyi iparosság történetének dokumentumait, műhelyeit, személyiségeit és szervezeteit a kutatókhoz, valamint a szélesebb érdeklődő közönséghez.
Az Erdélyi Múzeum-Egyesület folyamatosan gondot fordít a tudományos élet meghatározó egyéniségei életpályájára, munkásságára és életművére vonatkozó adatok gyűjtésére, tárolására és feldolgozására.
Az Erdélyi magyar szótörténeti tár a leggazdagabban adatolt magyar nyelvtörténeti szótár. Szerkesztése hosszú évek kutatómunkájának eredményén alapul. A gyűjtőmunkát Szabó T. Attila végezte, az adatok szótárrá szerkesztése azonban – az I. kötet kivételével, amelyet egyedül készített el – egy egész közösség munkájának gyümölcse. Az elmúlt években tizennégy kötet jelent meg, ezekben a XVI–XIX. századi erdélyi magyar nyelv életes közelségben, a maga gazdagságában, változatosságában jelenik meg.
Az Erdélyi Múzeum-Egyesület kiadásában induló új sorozat köteteiben tájegységenként rendezve kívánjuk közreadni a települések jelenkori és történeti fölrajzinév-készletét.
Az Erdélyi Múzeum-Egyesület Műszaki Tudományok Szakosztálya évente szervez tudományos ülésszakot a magyar tudomány napja rendezvénysorozat keretében. A rendezvény fórumot kínál a hazai kutatók munkájának megismertetésére, ugyanakkor lehetőséget kínál külföldi vendégeinknek intézményük, illetve kutatásaik bemutatására is.
A sorozat kötetei a műszaki tudományok szakterületén megtartott tudományos ülésszakokon, konferenciákon, emléknapokon elhangzott előadásokat gyűjtik egy csokorba.
Az 1970-es évek elején kezdeményezett Székely Oklevéltár új sorozata már indulásakor a székelység történetére vonatkozó kiadatlan források közlését célozta meg. A Demény Lajos és Pataki József gondozásában összeállított új kiadvány csak részben volt az első címlapon feltüntetettek érdeme. Születésénél bábáskodtak az erdélyi magyar nyelvészeti és történetírás kiválóságai, Szabó T. Attila, Jakó Zsigmond, Benkő Samu, Imreh István és Kiss András.
A modern műszaki fejlődés és eredményeinek hatékony használata lényegesen meghatározza Európa e része és benne Erdély gazdasági és kulturális helyzetét, fennmaradásunk esélyeit és távlatait. Az Erdélyi Múzeum-Egyesület Műszaki Tudományok Szakosztálya rendezésében zajlik 1996-tól évente a Fiatal Műszakiak Tudományos Ülésszaka, mely kiváló fórumnak bizonyult a fiatal kutatók munkáinak ismertetésére. A kezdeményezésnek alapvetően kettős célja van.
Lexikonunk - írta az 1981-ben megjelent első (A-F) kötet előszavában az alapító -főszerkesztő Balogh Edgár, - "felöleli a romániai magyar irodalom minden számbajöhető eredményét, neves és névtelen , de irodalmunkhoz mégis hozzájáruló alkotóját, s az irodalom leszűkítő értelmezése helyett az írásbeliség teljességére, határterületeire is tekintve, a természet- és társadalomtudományok, a műszaki irodalom, sőt az irodalommal valaminő kapcsolatban levő zene- és képzőművészeti alkotások területeit, a romániai magyar sajtó, az irodalmi és kulturális tömörülések, egyesületek, társaságok, intézménye